Historia Jabłonki naznaczona jest wieloma wydarzeniami związanymi między innymi z osadnictwem, reformacją, wojnami światowymi i walkami narodowościowymi, wynikającymi z faktu przygraniczności tych terenów. Dzieje parafii splatają się ściśle z historią całej Górnej Orawy.
Stałe osadnictwo na tych terenach obserwujemy dopiero w XVI wieku. Pierwsza wzmianka o Jabłonce pochodzi z 1550 roku – wieś została zaznaczona na mapie urzędników skarbowych z Bratysławy, badających pozyskiwanie soli ze słonych źródeł Górnej Orawy. W 1566 roku Jabłonka pojawiła się w rejestrze podatkowym jako miejscowość niepodlegająca jeszcze żadnym poborom. Lata wolnizny zaczęto liczyć dopiero od 1567 roku, co świadczy o trudzie karczowania lasów i organizowania nowej osady. W 1575 roku Katarzyna Zrinyi, wdowa po Franciszku Thurzo, zawarła umowę lokacyjną z Wincentym Jabłonowskim i dokładnie określiła granice wsi. W 1613 roku Jerzy Thurzo polecił utworzyć w Jabłonce delegaturę sądu dominium, czyniąc ją administracyjnym centrum tej części Orawy. W 1619 roku istniał tu skład soli oraz dominialna gospoda.
Pod koniec XVI wieku Jerzy Thurzo, właściciel dominium orawskiego ufundował w Jabłonce parafialny zbór luterański. Drewniana świątynia stanęła na terenie dzisiejszego cmentarza, najprawdopodobniej około 1595 roku. Pierwsza pewna wzmianka o farze luterańskiej pochodzi z 1602 roku. Parafia obejmowała początkowo rozległy obszar kolonizowanych wsi: Piekielnik, Bukowinę, Podszkle, Orawkę, Podwilk, Podsarnie i Harkabuz, a z czasem także Zubrzyce i Lipnice.
Katolicy – stanowiący większość mieszkańców – modlili się potajemnie w lasach, sprowadzając kapłanów z Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Od 1656 roku ważnym ośrodkiem duszpasterskim stała się Orawka, gdzie wicearchidiakon ks. Jan Sczechowicz założył parafię rzymskokatolicką.
W 1672 roku, z polecenia cesarza Leopolda I, zwrócono kościoły katolikom. Świątynię w Jabłonce objął kolejny wicearchidiakon orawski, ks. Marcin Pongracz, organizując tu filię parafii orawskiej. Podczas powstania kuruców w 1682 roku luteranie ponownie zajęli kościół, jednak już w 1684 roku katolicy odzyskali go ostatecznie.
Wezwanie Przemienienia Pańskiego pojawia się w wizytacji kanonicznej przeprowadzonej w 1695 roku przez wicearchidiakona nitrzańskiego ks. Emeryka Pongracza. Opisał on skromne wyposażenie świątyni, które w kolejnych latach systematycznie się powiększało. W 1715 roku kościół został konsekrowany przez delegata arcybiskupa Ostrzyhomia, biskupa Łukasza Nataly.
Kronika parafialna oraz najstarszy inwentarz kościelny z 1787 roku zgodnie podają, że w 1755 roku, pochodzący z Jabłonki ks. Ignacy Jabłoński ufundował nowy ołtarz główny. W retabulum umieszczono obraz na płótnie przedstawiający święte Marię Magdalenę i Rozalię.
Erekcja biskupstwa spiskiego w 1776 roku oraz włączenie do niego całej Orawy spowodowały nowy podział administracyjny. W 1787 roku, wśród parafii erygowanych za zgodą cesarza Józefa II, znalazła się także parafia w Jabłonce. Pierwszym proboszczem został ks. Adam Rosiński (1787–1795), wprowadzony na urząd 19 lipca 1787 roku. Wcześniej pełnił funkcję wikarego w Orawce. Zaprowadził kronikę parafialną i księgę rachunkową oraz sporządził w 1787 roku szczegółowy inwentarz wystroju i wyposażenia kościoła. W 1791 roku parafianie wznieśli pierwszą szkołę.
Następcą ks. Rosińskiego został ks. Józef Janicsak (1795–1820). Za jego duszpasterzowania wymurowano w Jabłonce obecny kościół. Budowę rozpoczęto w 1802 roku, a zakończono w 1807 roku. Świątynia reprezentuje styl tzw. józefiński, łączący klasycyzm z elementami baroku.
Wystrój kościoła przechodził liczne przeobrażenia na przestrzeni lat. Obecny ołtarz główny został zmontowany w latach 1912–1913 przez wytwórnię południowotyrolską w stylu eklektycznym. Jego nastawę wypełnia obraz Przemienienia Pańskiego. W dużych niszach bocznych znajdują się figury świętych Cyryla i Metodego. W glorii widnieje popiersie Boga Ojca, adorowanego przez anioły, obok umieszczono dwie figury, być może pochodzące ze starszego ołtarza: po lewej św. Agnieszki, po prawej św. Elżbiety Węgierskiej. Z Południowego Tyrolu pochodzą również polichromowane płaskorzeźby predelli, przedstawiające sceny: Boże Narodzenie, Ofiarowanie Jezusa w świątyni, Jezusa wśród dzieci oraz Przemienienie. Antepedium zdobi płaskorzeźba Ostatniej Wieczerzy. Tabernakulum flankują figury adorujących aniołów.
Boczne ołtarze przy tęczy są wynikiem przeróbek z 1950 roku, wykonanych przez snycerzy i stolarzy z Jabłonki – Czesława Kojsa i Ignacego Suwadę. W ołtarzu po lewej stronie znajduje się obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy, sprowadzony przed I wojną światową z kościoła farnego w Trzcianie. Obok obrazu ustawiono figury św. Jacka Odrowąża oraz św. Kazimierza Jagiellończyka, w zwieńczeniu umieszczono malowany medalion św. Józefa z Dzieciątkiem.
Ołtarz po prawej stronie mieści figurę Najświętszego Serca Pana Jezusa, flankowaną figurami patronów Polski – św. Wojciecha i św. Stanisława. W glorii, w owalnym medalionie, znajduje się malowidło św. Andrzeja Boboli. Oba obrazy w zwieńczeniach ołtarzy zostały zakupione przez ks. proboszcza Juliana Łyska, a namalował je przed II wojną Kazimierz Puchała.
W 1914 roku z Węgier sprowadzono obecne organy, umieszczone w neorenesansowym prospekcie. Do wyposażenia świątyni należy także stara kamienna chrzcielnica o półkolistej czaszy, osadzonej na cylindrycznej stopie i bazie. Obecnie zamknięta jest pokrywą zwieńczoną grupą rzeźbiarską przedstawiającą Chrzest Chrystusa w Jordanie.
Ambona znajduje się po lewej stronie prezbiterium. Na jej licu widnieje polichromowana płaskorzeźba z 1869 roku, przedstawiająca siewcę w krótkiej białej tunice, góralskich portkach z parzenicami i w kierpcach, rozsiewającego ziarno na zaorane pole. Przyjmuje się, że jest to wyobrażenie św. Izydora, patrona rolników.
Wnętrze kościoła jest jednonawowe. Zostało ukształtowane w 1937 roku według projektu architekta Tadeusza Łukiewicza. W tym czasie dokonano również istotnych zmian w bryle świątyni, dobudowując zakrystię i kaplicę. Przy pracach budowlanych zatrudniono doświadczonych cieśli – Jana i Pawła Pilarczyków z Kiczor.
Kaplica Matki Bożej Częstochowskiej, nakryta kopułowym sklepieniem, posiada witraże ufundowane w 1938 roku przez lekarza dr. Eustachego Jerzego Kawińskiego. Przedstawiają one jego patronów – św. Jerzego i św. Eustachego. Witraże wykonała krakowska firma Stanisława Gabriela Żeleńskiego. Ozdabiają one również okna prezbiterium oraz kaplicy; fundatorami byli ks. Julian Łysek i ks. Ferdynand Machay. Autorem koncepcji międzywojennych witraży w kościele był Kazimierz Puchała.
Lewa kaplica, obecnie pod wezwaniem św. Maksymiliana Kolbego, powstała w miejscu dawnej drewnianej kruchty. Została ufundowana w 1973 roku.
Obecna neobarokowa polichromia sklepienia nawy i prezbiterium jest dziełem krakowskich malarzy Jacka i Mieczysława Żubrowskich z lat 1980–1982.
Do 1925 roku parafia należała do diecezji spiskiej. Po reorganizacji struktur kościelnych bullą Vixdum Poloniae unitas papieża Piusa XI została włączona do metropolii krakowskiej. W czasie II wojny parafia należała do diecezji spiskiej, zarządzanej przez ks. bpa Jana Vojtaššiaka, proboszcza w Jabłonce. Po wojnie, w 1945 powróciła do diecezji krakowskiej. 6 sierpnia 1954 roku kościół został uroczyście konsekrowany przez bpa Franciszka Jopa.
W parafii obchodzone są dwa odpusty:
• 6 sierpnia – Przemienienie Pańskie (odpust tytularny),
• 27 czerwca – Najświętszej Maryi Panny Nieustającej Pomocy.
Dzieje parafii w Jabłonce są świadectwem wytrwałości wiary miejscowej społeczności, która mimo burz dziejowych zachowała swoją tożsamość religijną i kulturową.
